La resistenza agli azoli è riconducibile a mutazioni a carico di proteine nei miceti, così che questi farmaci non siano più efficaci per il trattamento delle micosi che sono quindi definite resistenti. Ad oggi la resistenza agli azoli si registra per alcune forme di candidosi (Leggi anche: "Vulvovaginiti e mughetto, due fastidi anche seri da cui ci si può curare") e soprattutto per forme invasive di aspergillosi. La resistenza agli azoli è riconducibile ad abuso di questi farmaci e alla contaminazione a livello ambientale per riversamento di acque di scarico urbano nel mare e/o utilizzo di antifungini in agricoltura e allevamenti intensivi.